Procede de una familia numerosa y ligada a la iglesia anglicana y al metodismo. Su inmersión en una comunidad profundamente religiosa y rural como era entonces Cookham, contrasta con su formación artística en la Slade School. Allí entra en contacto con el postimpresionismo francés y con el grupo de los neo primitivos al que pertenecen artistas como David Bomberg y William Roberts y poco después, en 1912 expone en la Second Post-Impressionist Exhibition organizada por Roger Fry. No obstante, siempre mantendrá su apego a la vida de su natal Cookham, que él percibe como una suerte de Edén de pureza primigenia.
Su experiencia como enfermero en Macedonia durante la primera Guerra Mundial, le lleva a pintar en los años veinte murales que describen la guerra, no sin cierto toque visionario; de gran belleza es Resurrection, Cookham (Tate Galerie), elogiado como uno de los mejores cuadros de arte inglés del siglo pasado. Después de la guerra, hacia 1920, entra en contacto con un grupo de intelectuales cristianos y socialistas entre los que se encuentra el escritor G. K. Chesterton y en 1922 visita Munich y Viena y queda fascinado por la obra de Cranach y Brueghel. En los años treinta, tras divorciarse de su primera mujer, Hilda Carline, mantiene un tormentosa idilio con Patricia Perece, con la que contrae en matrimonio en 1937. De esta relación surgen una serie de desnudos expresivamente distorsionados que son incomprendidos por el público. La obra de Spencer, de gran originalidad, se caracteriza por exaltar con fuerza y simplicidad la fe cristiana, como realidad viva y presente comparándose su actitud visionaria con la de W. Blake. La religión, el sexo y la guerra, abordada en sus aspectos más prosaicos y más hondamente humanos, constituyen los ejes medulares de su producción. En 1980 la Royal Academy le brinda una importante exposición retrospectiva, y en 2001 la Tate Britain vuelve a descubrir su valiosa obra.