Es admitido en la Cofradía de San Lucas de Amberes en 1515, entrando en contacto con Durero entre 1520 y 1521. Su temática predominante es la religiosa, que combina con la representación del paisaje. En éste, empequeñece las figuras, combinando la observación naturalista del detalle con un gran sentido de la fantasía y dándole mayor importancia al espacio en detrimento de los personajes; convirtiéndose en pionero renacentista de la conversión del paisaje en género independiente, y en eslabón entre la pintura de El Bosco (Hyeronimus Bosch) y la de Brueghel el Viejo. A pesar de la importancia de Patinir, considerado además como uno de los artistas que marca la transición del arte flamenco entre el siglo XV y XVI, en la actualidad sólo existen cinco pinturas firmadas por él, y unas veinte que se le atribuyen con certeza. Entre sus obras más importantes destaca Descanso en la huida a Egipto (c. 1515-1516 ), perteneciente a la colección del Museo del Prado.