Se forma como artista en el Pratt Institute de Brooklyn. Sus primeros trabajos incorporan imágenes fotográficas, pero hasta mediados de los setenta no da el paso a la fotografía como único medio de expresión. Con una cámara de gran formato empieza a hacer fotos dentro de su círculo de amigos y conocidos: artistas, músicos, actores, así como numerosos personajes de la cultura homosexual underground. A comienzos de los ochenta inicia una etapa de mayor refinamiento en la que capta desnudos masculinos y femeninos con un sentido de la belleza muy clásico, y que compagina con fotografías de esculturas antiguas. Aunque ocasionalmente trabaja con el color, sobre todo en sus fotografías de flores, por lo general prefiere la elegancia minimalista del blanco y negro. A lo largo de su trayectoria experimenta con técnicas y formatos diversos: Polaroids en color, fotograbados, platinotipias sobre papel y tela. El erotismo, acompañado en ocasiones por el escándalo, es una constante en su trabajo y aflora con la misma fuerza en sus desnudos que en sus bodegones de flores: básicamente son lo mismo, ha llegado a afirmar. En 1987 crea la Robert Mapplethorpe Foundation para promover la fotografía y financiar proyectos de investigación y lucha contra el SIDA.