Tal y como hoy lo visitamos, el edificio del Museo del Prado es una obra colectiva en la que ha podido atestiguarse la actividad constructora de más de veinte arquitectos, en intervenciones de importancia desigual. Pero el primero y más importante es, como sabéis, Juan de Villanueva, que proyectó el edificio como Museo y Academia de Ciencias Naturales y no pudo concluirlo. La estructura que él planteó fue valorada y mantenida por sus sucesores.
La decisión de erigir una Academia de Ciencias durante el reinado de Carlos III, decisión también mantenida por su sucesor Carlos IV, correspondió de manera directa a su secretario de Estado, el conde de Floridablanca, que la tomó a propuesta, según investigaciones, de José Pérez Caballero, entonces oficial de la primera Secretaría de Estado e intendente del Real Jardín Botánico.
En enero de 1784, este señor propuso crear en el Paseo del Prado un Gabinete de Historia Natural que fuera también Laboratorio Químico, y Floridablanca ordenó su ejecución, que se costeó con las rentas de los bienes y temporalidades en España e Indias de los jesuitas que antes habían sido expulsados.
Por tanto, los tres responsables directos de la creación del Museo, de quienes dependió su realización al menos en los primeros siete años, hasta el cese del ministro, fueron Floridablanca como protector y promotor, Pérez Caballero como gestor económico y mentor y Villanueva como arquitecto. Él llegaría a decir que esta fue la única obra de alguna consecuencia que la suerte y el acaso puso bajo mi dirección, por eso volcó aquí todos sus conocimientos buscando hacer algo ni parecido a los edificios que existen en nuestro suelo.
Floridablanca, además, decidió que el edificio fuera un magnífico Palacio de las Ciencias que superara las pretensiones iniciales. Junto a la Academia de Ciencias Naturales, albergaría un gran salón de juntas dedicado a conferencias y congresos. En febrero de 1785, Pedro Franco Dávila, creador y entonces director del Real Gabinete de Historia Natural que estaba instalado en la Academia de San Fernando, remitió a Villanueva, a petición suya, la nómina de salas que debería tener esa institución en su nueva sede y sus dimensiones; sus precisiones serían más indicativas que definitivas para el arquitecto, porque obedecerlas en su literalidad hubiera dado lugar a un edificio muy compartimentado y lo que Villanueva buscaba era crear grandes espacios lineales que contrastasen con salas centralizadas y rotondas para articular el conjunto. Tomaba así partido por una arquitectura de representación que no renunciaba a servir a una finalidad práctica, nacida antes del deseo que de la necesidad.
En mayo de ese año Villanueva aportó sus proyectos para el Gabinete. Hablamos en plural porque hubo dos, y del elegido no se conservan los planos. La elección la llevó a cabo Carlos III, incorporando algunas reformas y aumentos, y en agosto Villanueva comunicó a Pérez Caballero la urgencia de liberar el terreno elegido para plantear la construcción.
Dos meses después, se había desembarazado el terreno de construcciones, se había realizado un primer replanteo y se habían hecho desmontes y aperturas de zanjas de cimentación suficientes como para tener que trasladar tierras removidas al Buen Retiro. Mientras Floridablanca fue ministro, las obras avanzaron a buen ritmo.
Los dos proyectos que Villanueva presentó al monarca eran muy distintos entre sí, pero tenían en común su esencia por encima de detalles: la posición retrasada del edificio en relación con la alineación del Paseo del Prado, el aprovechamiento de las pendientes naturales del terreno, para modelar su forma con la rampa curva de la subida a San Jerónimo y el muro de contención que separaba al edificio de la huerta del monasterio; el triple acceso al edificio por tres fachadas distintas en tres orientaciones diferentes y la composición general, el ritmo A-B-C-B-A y el esquema en T de la planta, con el salón de columnas central perpendicular al Paseo. Los tres primeros rasgos los sugería el propio emplazamiento.
Del proyecto elegido por Carlos III, como decíamos, no nos han llegado planos, pero sí una maqueta, conservada en el Prado, que reproduce también sus detalles interiores. A partir de este se inició la ejecución, pero el planteamiento de inicio se vio modificado en el proceso constructivo hasta alcanzar la formulación de un tercer proyecto -el definitivo- que conserva las características fundamentales de los dos primeros. A este proyecto final corresponde la lámina que se conserva también en el Museo bajo el título Plantas, alzados y perfil del edificio del Museo, inventado y dirigido en su execución por Don Juan de Villanueva Arquitecto Mayor de S.M. y A.A. y de la Villa de Madrid.
En la Descripción del Museo que Villanueva desarrolló en 1796, explicó: Me figuré que el edificio debería ser una desahogada y prolongada galería, a la que con propiedad podría adjudicársele el título de Museo de todos los productos naturales (…). Del crecido desnivel que reinaba en toda su prolongada línea me propuse sacar partido para proporcionar la principal entrada de la Galería por el ascenso al Monasterio de San Jerónimo: en la cabecera y lado corto del norte del edificio, dejando y destinando la del otro al medio día para entrada a las escuelas de Botánica y Química (…) Y considerando poder proporcionar en el plano bajo y primer cuerpo del edificio anchurosas salas para las aulas de enseñanza pública y salas de conferencias, dispuse colocar en el centro de la mayor línea de fachada de poniente la más decorosa entrada del edificio.
En su planteamiento, museo y galería formaban una unidad y la topografía del terreno adquiría importancia en el esquema del funcionamiento interno del edificio al permitir que existiesen entradas diferentes en distintas orientaciones o niveles de acceso. Además, el edificio queda concebido como dos estratos autónomos (Museo y Escuela de Botánica y Química), con sus respectivas entradas situadas en los testeros perpendiculares del Paseo del Prado y en dos niveles distintos de orientaciones opuestas (Norte y Sur) con sus respectivos programas de salas desarrollándose en profundidad, en paralelo al Prado.
La frontalidad hacia el Paseo de la dilatada fachada lateral de dos plantas bajas, una sobre otra, queda garantizada por el engarce central del Salón de Juntas, ortogonal al eje mayor de los recorridos.
Dos años después de la Descripción de Villanueva, en 1798, el conde de Maule visitó Madrid y explicó en su Viaje de España, Francia e Italia el estado en que se encontraba el Paseo del Prado. Sabemos por su relato que se habían terminado las fachadas norte y oeste y que se habían montado cuatro columnas corintias de la fachada sur, frente al Jardín Botánico. En el frente posterior se estaban construyendo aún la galería de arcos y el frente absidial.
Diez años después, cuando se produjo en 1808 la entrada del duque de Berg en la Corte y el Museo fue acuartelamiento de la caballería francesa, no se había avanzado mucho más: estaban acabadas las tres fachadas principales y los interiores de sus dos plantas bajas quedaron abovedados y con las cubiertas revestidas de plomo y pizarra. La fachada posterior estaba concluida en sus paramentos hasta la cornisa general, que recorría el edificio por completo salvo el salón absidial, del que se había construido su paramento hasta el nivel de la segunda imposta, quedando sin cerrar ni cubrir (y vacío) el interior, eso sí, con la cimentación de las columnas realizada y trece basas corintias labradas.
En ese estado inacabado tras 23 años en construcción, el edificio soportó la ocupación francesa. La guerra fue devastadora y Villanueva, que murió en 1811, fue al final de su vida testigo de la lenta ruina que causó el conflicto sobre su obra fundamental (y sobre el Observatorio Astronómico o la capilla del Cementerio General del Norte, también trabajos suyos sin concluir e igualmente dañados).
Su discípulo Antonio López Aguado recibió en 1814 el encargo de consolidar y recomponer el edificio.