Desde muy joven demuestra su poder como médium y su interés por el espiritismo, las ciencias ocultas y la teosofía, aficiones que comparte con su gusto por el arte popular. En 1888 comienza su formación artística de manos de Alois Studnicka, quien transmite a Kupka la fuerza expresiva de los colores en el arte decorativo y abstracto, iniciándole en el arte de los checos Mánes y Mikulás. En 1928 se traslada a Praga, cursando estudios en su Academia: se forma con el pintor religioso Frantisek Sequens, de la escuela nazarena, afirmándole en el simbolismo espiritual del arte. En 1892 marcha a Viena para estudiar con Eisenmenger, pintor de frescos nazarenos, surgiendo aquí su deseo de crear obras cuyos ritmos lineales y esquemas de color produjeran efectos parecidos a los de la música. En 1896 se establece en París y ya prácticamente no abandona Francia. Miembro del Grupo de Puteaux, su arte también se asocia con el cubismo. Pionero en el desarrollo de la abstracción no figurativa, es uno de los primeros en crear obras por analogía con la música, encontrando sus ideas expresión concreta en Amorpha: Fugue à deux couleur, expuesta en el Salon d´Automne en 1912. Atento descubrimientos científicos de su época, presta atención a la representación abstracta del movimiento, aunque en dirección opuesta a la seguida por el futurismo, inquietudes artísticas que se confirman en su principal obra teórica: La creación en las artes plásticas (1923). En 1931 se une al grupo Abstraction Création, exponiendo en 1936 en el Jeu de Paume, París, junto con Alphonse Mucha. En 1946 Praga le ofrece una amplia exposición retrospectiva, sucediéndose, a partir de entonces, numerosas exposiciones conmemorativas.