Felipe II fijó el emplazamiento del conjunto: palacio, biblioteca y panteón familiar -donde edificó una gran basílica y fundó un monasterio- a finales de 1562, colocándose la última piedra en 1584 , según proyectos de Juan Bautista de Toledo y Juan de Herrera. En la basílica se conservan las esculturas orantes en bronce dorado como las del retablo, de Pompeyo Leoni. Tanto el Monasterio como las zonas de palacio que alberga El Escorial, fueron decorados por pintores italianos , entre los que destacan Zuccaro, Tibaldi y Cambiaso. En escultura, se destacan las piezas de Monegro y de artistas italianos de los siglos XVI y XVII como Bernini y Cellini. Carlos II aportó el retablo de la Sacristía, presidido por la obra maestra de Claudio Coello, La Adoración de la Sagrada Forma, y el grandioso ciclo de pinturas al fresco por Luca Giordano en las bóvedas de la iglesia y de la Escalera. El Bosco, una gran colección de maestros venecianos del siglo XVI, varios cuadros de El Greco y de Velázquez constituyen parte del legado pictórico presente en el conjunto arquitectónico.

Este conjunto museístico depende de Patrimonio Nacional y completa su recorrido con La Casita del Infante (1771 y 1773) y la Casita del Príncipe (1772), ambas dos, obras del arquitecto más importante del Neoclasicismo español, Juan de Villanueva. Del último edificio son destacables las decoraciones , entre otros, por Ferroni, Vicente Gómez, Mariano Salvador Maella y Francisco Bayeu. El real sitio, como bien de titularidad estatal, depende de Patrimonio Nacional.