El primer intento de crear un museo en Figueres es del año 1876, cuando Joan Tutau deja un legado de cuadros, grabados, fotografías y dibujos, que se guardan en el instituto de bachillerato. No se vuelve a tratar el asunto hasta 1936, en plena Guerra Civil, cuando el Ayuntamineto adopta el acuerdo de instalar un museo en la iglesia del Convent de les Germanes de la Presentació, lo cual nunca se lleva a cabo. Pero en 1945, finalmente, el teniente alcalde Joan Bonaterra invita a diferentes personalidades de la localidad para exponer el tema de formar un museo de arte con las donaciones de Josep Rubaudonadeu y de otros artistas, como también un depósito de cuadros del Museo del Prado. Así empezó a estructurarse el Museu de l’Empordà, que se inaugura en 1947, instalándose de forma provisional en el primer piso del edificio del Instituto Ramón Muntaner .

En 1968 el Ayuntamiento acuerda destinar al museo el antiguo edificio de la Cambra Agrícola, así se construye un nuevo edificio, proyecto del arquitecto Alexandre Bonaterra. El 30 de mayo de 1971 se procede a la inauguración con la presencia del escultor Frederic Marés, al cual se le concede la “Fulla de Figuera”. En la fachada se pueden apreciar unos bajo relieves del mismo artista. Por último, en 1990 se realizan obras de ampliación por la calle de los Ingenieros (carrer dels Enginyers).