El museo para efectos de investigación, catalogación y conservación, se divide en cuatro grandes secciones: Arqueología, Etnografía, Historia y Arte. Las colecciones de arqueología prehispánica y de etnografía indígena y afrocolombiana del siglo XX son conservadas por el Departamento de Curaduría de Arqueología y Etnografía , a cargo de la División de Patrimonio del Instituto Colombiano de Antropología e Historia -Icanh-.
Las colecciones de historia de los siglos XVI al XX y de los diversos períodos del arte colombiano, con su sección de arte internacional, están a cargo del Departamento de Curaduría de Arte e Historia.