Inaugurado en el año 2001 por el alcalde Álvarez del Manzano, completa la oferta de arte contemporáneo que ofrecen otros museos madrileños. En total este nuevo espacio ocupa 2.000 metros cuadrados en el Centro Cultural Conde Duque, y nace con el objetivo de convertirse en espacio de encuentro para las propuestas de arte contemporáneo desarrollado en la ciudad. La sala de exposiciones pretende dar cabida a todo tipo de manifestaciones artísticas, desde las más tradicionales hasta las producidas con los nuevos medios.

La exposición permanente que se nutre de los fondos del Ayuntamiento de Madrid y que se inauguró con una selección de las obras de 94 artistas bajo el título “Madrid Contemporáneo. Adquisiciones 1999-2001” va ampliándose con nuevas incorporaciones cada año. Entre los nombres que podemos encontrar en esta colección madrileña figuran Rafael Canogar, Manolo Millares, Pablo Palazuelo, Andreu Alfaro, El Equipo Realidad o Guillermo Pérez Villalta, en pintura; Alberto
García-Alix, Ouka Lele, Chema Madoz o Aitor Ortiz, en fotografía; y José Luis Sánchez, Susana Solano, Blanca Muñoz o Laura Lio, en escultura.

En abril de 2003 se inaugura un nuevo espacio expositivo dependiente del Museo Municipal de Arte Contemporáneo, con el nombre Espacio Dos, donde además de exposiciones temporales se abordan otro tipo de actividades culturales.