El gobierno egipcio estableció el Servicio de Antigüedades de Egipto en 1835, principalmente para planificar la creación de centros arqueológicos y para impulsar la exhibición de los objetos adquiridos bajo la propiedad del gobierno. La colección fue más tarde transferida a otro edificio en el Citadel. En 1858 un museo fue preparado en Boulaq para albergar las piezas coleccionadas por el arqueólogo francés August Mariette. En 1880 los fondos del museo de Boulaq fueron transferidos a un anexo del palacio de Giza de Ismail Pasha.

El actual museo fue construido en 1900 en estilo neoclásico, por el arquitecto francés Marcel Dourgnon. Este museo alberga en torno a unos 120 000 objetos. Las piezas más destacadas de estos fondos son las momias de algunos de los faraones de la historia de Egipto desde la 18ª a la 20ª dinastía, objetos de las tumbas de los reyes y miembros de las familias reales del Reino Medio, famosos vestigios hallados en las tumbas de Tuthmosis III, Tuthmosis IV, Amenhotep III , Horemheb y la tumba de Yuya y Thuya. Estas destacadas piezas, son parte de una colección que junto con un grupo de 3500 restos arqueológicos procedentes de la tumba de Tutankamon, de las cuales el museo tiene expuestas cerca de 1700, convierten al museo en un centro de inevitable referencia.