Se inaugura en 1911. En el origen de sus colecciones están los bienes reunidos por la Real Academia de Bellas Artes de San Luis, conjunto que aumenta en el siglo XIX con obras procedentes de los conventos desamortizados. El museo sufre diversas remodelaciones y cambios de ubicación hasta ser instalado en 1907, en un edificio de los arquitectos Magdalena y Bravo.

Las salas guardan importantes colecciones de prehistoria, arqueología y etnología. La sección de Bellas Artes abarca los siglos XV al XIX y cuenta con ejemplos de escultura y pintura de la mano de Jaume Serra, Damián Forment, Berruguete, Jusepe Martínez, Pereda, Claudio Coello, Mengs, Pradilla, Carlos de Haes o Goya. En el siglo XX dominan los artistas aragoneses, aunque no están excluidos los de otras regiones.

El programa museístico se completa con la celebración de conferencias, seminarios y exposiciones temporales. El museo está dotado de biblioteca y sala de proyecciones y publica periódicamente un boletín en el que da cuenta de sus actividades.