Fundado en 1956, el museo es una institución de carácter regional dependiente del Gobierno de Navarra. Su sede se encuentra en el que fue hospital de Nuestra Señora de la Misericordia, emplazado en el casco antiguo de Pamplona muy cerca de las murallas. La actual rehabilitación del inmueble es obra de los arquitectos Garcés y Soria. Los fondos iniciales proceden del conjunto reunido por la Comisión de Monumentos Históricos y Artísticos de Navarra fundada en 1860. La labor de proteger y conservar dichos fondos pasa después a ser competencia de la Institución Príncipe de Viana, fundada en 1940 por el Gobierno de Navarra. Las piezas exhibidas ilustran el devenir del arte navarro desde la Prehistoria hasta nuestros días. A la actividad propia del museo se suman otras de diversa índole como exposiciones temporales, ciclos de cine, conferencias y visitas guiadas.