Inaugurado como “Museo de Logroño” en 1971, está instalado en un palacio barroco del siglo XVIII que el Estado adquirió en 1884 con la intención de destinarlo a palacio Episcopal. Sus colecciones constan de tres secciones: arqueología, bellas artes y etnografía.

La sección de bellas artes es la única expuesta al público con carácter permanente. Está principalmente formada por arte religioso incautado por la Comisión Provincial de Monumentos durante la desamortización, aunque también incluye objetos procedentes de localidades de la sierra despobladas durante los años sesenta, así como un pequeño grupo de obras del XIX depositadas por el Museo del Prado en 1903. Las obras más antiguas expuestas en el museo datan del siglo XII, mientras que las más modernas llegan hasta principios del siglo XX. Periódicamente el museo organiza exposiciones temporales.