Es un museo de Titularidad Estatal perteneciente al Ministerio de Cultura y de gestión transferida a la comunidad autónoma de Castilla-La Mancha. En la actualidad la dirección del Museo trabaja para abordar la remodelación, ampliación y modernización, tanto del edificio como de la exposición permanente.

Acoge tres plantas de exposición, correspondiendo la planta baja a la Prehistoria. En la planta primera se expone la arqueología clásica y en la planta segunda se exponen objetos de las épocas tardorromana, medieval y moderna procedentes de yacimientos arqueológicos de la provincia de Cuenca. En la tercera planta están ubicados los laboratorios de Fotografía, Restauración y el Departamento de Educación y Acción Cultural.