El Kyoto National Museum fue establecido como una institución estatal para la colección y la preservación de las propiedades culturales de la nación. Además de las exposiciones que organiza el museo, la propia institución patrocina actividades de conservación y programas de investigación.

La colección se divide en 16 galerías: dos de ellas, dedicadas a arqueología de Jomon, Yayoi, Kofun, Nara, y Heian; dos a cerámicas de Japón, China y Corea; dos a escultura de China, India, Pakistán y Japón; una a pintura japonesa budista; otra a pintura en tinta Muromachi; una a manuscritos ilustrados; una a pintura Momoyama y Edo; una a pintura china y coreana; caligrafía; textiles; piezas lacadas y la última a trabajos en metal. También cuentan con un amplio programa de muestras temporales.