La mayor parte de sus fondos proceden de la colección Bernardino Spada (1594-1661), sucesivamente acrecentada, mediante nuevas adquisiciones realizadas por el cardenal Fabrizio Spada (1643-1717). Una aportación menor pero de cierta relevancia se debe a la pasión como coleccionista de Virginio Spada (1596-1662), el cual contribuye con sus obras a ampliar los fondos que el museo posee del periodo antiguo y moderno.