Inaugurado en mayo de 2003, el edificio que acoge la sede de la Fundación-Museo es obra de Francisco Sáenz de Oiza. El proyecto desarrollado, de gran sencillez, responde al próposito del arquitecto por relacionar en equilibrio continente y contenido. Al exterior, el edificio se erige como un cubo de hormigón rojizo coronado por tres lucernarios prismáticos de grandes dimensiones. A modo de templo profano, el espacio interior se inspira en el túnel en el que trabajaba Oteiza en Arantzazu. Fundamental en la concepción del museo, el edificio incluye la vivienda original del artista, definida ahora como casa-taller dentro del proyecto museístico.

En la colección del museo se incluye la biblioteca personal del artista con cerca de 5.000 libros y las 1.679 esculturas, 600 dibujos y 2.000 estudios del laboratorio de tizas, creados a lo largo de su extensa trayectoria.

La Fundación-Museo Jorge Oteiza se pone en marcha como institución cultural financiada por el Gobierno de Navarra, destinada a conservar, catalogar y difundir el extenso legado creativo de Jorge Oteiza, donado a Navarra en 1992.