Previo a la creación de la Fundación, en 1991, Aena recibe la responsabilidad de gestionar gran cantidad de obras de arte provenientes de aeropuertos españoles. Todas estas piezas, una vez clasificadas, pasan a conformar la Colección de la Fundación y desde 1995 empiezan a mostrarse en exposiciones temporales.
El objetivo central de la Fundación ha sido, por tanto, la gestión del patrimonio artístico que poseen los diversos aeropuertos españoles razón que motiva el promover, en primer orden, la cultura aeronáutica y por supuesto, los fondos artísticos que posee la Fundación.
Hoy día Aena posee más de 1500 obras de la segunda mitad del siglo XX, entre las que se cuentan piezas de destacados creadores, tanto nacionales como internacionales, como por ejemplo: Fernando Botero, José Manuel Broto, Rafael Canogar, Manuel Hernández Mompó, Cristina Iglesias, Pablo Palazuelo, Gerardo Rueda, Bernardí Roig o Fernando Zóbel, entre otros. Asimismo, la Fundación publica monografías junto con otras instituciones y posee la revista Aena Arte, en la que se reúnen informaciones relativas a la aeronáutica, el transporte aéreo en general y sobre la Colección que posee la Fundación propiamente.