Se crea en 1789 con el nombre de Real Estampería por iniciativa de Carlos III y del Conde de Floridablanca, adoptando en 1867 la denominación actual de Calcografía Nacional. Desde 1932 depende de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando. Sus fondos se componen de grabados y estampas de los siglos VIII al XX fundamentalmente. Entre los artistas representados figuran Ramón Bayeu, Francisco de Goya, Manuel Salvador Carmona, Mariano Fortuny o Carlos de Haes, entre otros. El siglo XX cuenta con obras de Ricardo Baroja, José Luis Alexanco, José Gutiérrez Solana, José Hernández, José Duarte.
La sala de exposiciones temporales, activa desde 1985, ha acogido numerosas muestras dedicadas a las artes del grabado, de carácter tanto histórico como contemporáneo. La Calcografía Nacional también cuenta con talleres de estampación y un gabinete de estudios.