Estudia en la Escuela de Artes y Oficios de Badajoz y en la de Bellas Artes de San Fernando de Madrid. Su obra se articula desde un primer momento en torno a la representación de la figura humana, dentro de un estilo naturalista con ciertas notas expresionistas. En los años cincuenta se combina en su obra el cubismo y el expresionismo. Le sigue un período de tanteos en el que se aproxima a diversos lenguajes que comportan la vehemencia expresiva: el informalismo y la figuración de Bacon, de Picasso o de De Kooning, adaptados a un contenido de crítica social. En su obra de madurez, alcanzada en los años setenta, se acentúa la libertad de la pincelada y el color se hace más luminoso. En 1988 se inaugura en el Palacio de la Trinidad de Gijón (Asturias) el Museo de Arte Juan Barjola que reúne un conjunto de unas doscientas obras donadas por el propio artista.