El edificio que alberga el San Diego Museum of Art fue cedido en 1922, por los señores Appleton S. Bridges para constituir una galería de arte para la comunidad, que garantizara el mantenimiento del espacio. El museo que está ubicado en el Balboa Park, es diseñado por William Templeton Johnson –el principal arquitecto de los edificios públicos de San Diego en los años anteriores a la II Guerra Mundial-, en colaboración con el arquitecto Robert W. Snyder y el decorador Chris Mueller. El museo abre sus puertas oficialemente en febrero de 1926 con una superficie cercana a los 3.000 metros cuadrados , destinados a espacio expositivo que sería duplicado posteriormente, en 1966.

La colección del museo se crea entre 1920 y 1940, bajo la coordinación de Anne R. y Amy Putnam apuntando principalmente a piezas del Renacimeinto italiano y pintura barroca –hecho que no tenía precedentes er la costa oeste-. Así la colección cuenta con obras de Franz Hals, Anthony Van Dyck, El Greco (Domenikos Theotokopoulos), Francisco de Zurbarán, Canaletto (Giovanni Antonio Canal) y Francesco Guardi.
Hacia los años 70 la colección se va ampliando con obras de artistas del siglo XX como es el caso de las piezas monumentales de Aristide Maillol, Marino Marini, Henry Moore y David Smith que se exhiben en el patio de esculturas. Otros de los artistas que se han ido incorporando a los fondos de la permanente del museo son artistas americanos como William Merritt Chase, Asher B. Durand, William Michael Harnett, Childe Hassam y Marsden Hartley.