Estudia en la Facultad de Bellas Artes de Bilbao y amplia sus estudios en la Escuela de Bellas Artes de París, donde realizó en 1986 su primera muestra individual en la galería Chantal Crousel. Sus primeros trabajos estaban orientados hacia la escultura pero al igual que otros artistas de su generación, como Ana Laura Aláez o Miren Arenzana, se alejaron de la temática localista del País Vasco para crear una producción individual. Sus primeras esculturas dejaron paso a la instalación, la performance y el vídeo. El asunto recurrente en las obras de Javier Pérez es el cuerpo humano concebido como una acumulación de órganos y partes de alta significación simbólica: los ojos, el pelo, las lágrimas… Con sus obras trata de enfrentar al hombre con su propia condición, haciendo convivir lo bello y lo horrible, lo atractivo con lo repulsivo. Para ello, utiliza materiales transparentes como el vidrio, la silicona o el látex, que sugieren un universo propio creado en la imaginación y no sacado de la realidad. Una de sus obras más conocidas es 60 escalones (Perpetuum Mobile), un vídeo que recrea el mito de Sísifo castigado por los dioses a empujar una roca hasta la cima de la montaña y condenado a repetir infinitamente esa acción. En 2001, Pérez participó junto a Ana Laura Aláez en la 49 Bienal de Venecia y en 2003, el Artium de Vitoria y el Carré d´Art de Nîmes le dedicaron una muestra retrospectiva. Expone “Mutaciones” en el Palacio de Cristal de Madrid en 2005 y está representado por la galería Salvador Díaz de Madrid. Actualmente, vive y trabaja en Barcelona.