Hijo de un comerciante de telas, se dedica a la pintura contraviniendo los deseos de su padre. En 1884 ingresa en el la Academia de Fernand Cormon en París, donde coincide con los pintores Louis Anquetin y Henri Toulouse-Lautrec. Sus experiencias con la sintaxis del puntillismo y del impresionismo hacen que sea expulsado de esta academia en 1886. Por esa época se dirige a Normandía y Bretaña atraído por la ruda simplicidad del arte de la región y trabaja estrechamente con Gauguin en Pont Aven. Años después, Bernard reivindicará la paternidad del estilo sintetista, elaborado con planos de color puros y lisos, practicado entonces por ambos pintores. Tras su paso por Pont Aven conoce a Van Gogh y en la tienda de bellas artes de Julien-François Tanguy tiene acceso a la obra casi desconocida de nabis, decidirá abandonar el camino experimental de sus comienzos para cultivar una pintura más sólida y anclada en la tradición, una preocupación que compartió con el pintor español Ignacio Zuloaga, al que estuvo unido por una fuerte amistad. Fue, además de pintor, un agudo y sensible teórico del arte, reivindicando tempranamente la obra de artistas como Van Gogh, Cézanne u Odilon Redon. Entre 1921 y 1928 vivió en Venecia dedicado a la escritura.