Crece en el seno de una familia vinculada a la fotografía: su madre, Adrienne Ballen, es editora en la agencia Mágnum, y los fotógrafos Bruce Davidson y Andrè Kertesz a quien considera su principal inspirador- son amigos de la familia. En su adolescencia realiza fotografías por afición, al tiempo que estudia la carrera de geología en la universidad de Berkley, California. La muerte de su madre y un general descontento con los valores occidentales le empujan a abandonar Estados Unidos y a embarcarse en un viaje de cinco años que le lleva hasta El Cairo, Grecia, Nepal e Israel, estableciéndose definitivamente en Sudáfrica en 1974. Durante este tiempo se gesta su primer libro Boyhood. Su denuncia del régimen de apartheid cristaliza en el libro Platteland (1995), que despierta una gran controversia en todos los ámbitos. Formado por una serie de impresionantes retratos en blanco y negro de la gente de esta región sudafricana, su visión evita cualquier resquicio de romanticismo o sentimentalidad, ofreciendo una realidad cruda y descarnada. Los modelos son captados casi siempre en sus casas: parejas mixtas, mineros, funcionarios… y aparecen unidos por el nexo común de la soledad y la miseria. La obra de Ballen está presente en las colecciones de prestigiosos museos e instituciones de todo el mundo como el MOMA de Nueva York o el Stedelijk Museum de Ámsterdam. Ha expuesto de manera individual en el London Royal Festival may (1995), en la Kunsthaus de Zúrich o en la Kunsthal de Rotterdam.