El 1 de junio de 2002 se inauguró este museo ubicado en el Patio Herreriano, uno de los tres claustros del antiguo Monasterio de San Benito, fundado en el siglo XIV. Constituye uno de los mejores ejemplos de arquitectura clasicista de la península con influencias de Palladio. La intervención contemporánea respeta la arquitectura original destacando los elementos de mayor interés y, en su condición actual del Museo, dota a los espacios de claridad y eficacia expositiva, de servicios y de circulación. En esta línea los arquitectos Arnuncio, Blanco y Aizpún han construido el nuevo edificio con una superficie aproximada de 7000 m2, para espacios expositivos, servicio, claustro y jardines. La colección está constituida actualmente por un total de 838 obras y ofrece una visión coherente y valiosa del desarrollo histórico del arte español, que deja observar el seguimiento de los principales artistas y tendencias desde 1918 hasta hoy. Cedida por la institución privada Asociación Colección Arte Contemporáneo, posee una personalidad propia que propone una nueva mirada sobre el arte español del siglo XX, basada en una revisión compleja y matizada. Incluye un amplio número de artistas representados por obras de gran calidad, que permiten un mayor conocimiento de su creación. Entre otros nombres, se encuentran el de Txomin Badiola, Miquel Barceló, Eduardo Chillida, Joan Miró, Maruja Mallo, Antonio Tàpies, Darío Urzay, Manolo Valdés, Esteban Vicente, Darío Villalba…

Las exposiciones temporales constituyen una actividad prioritaria del Museo, ocupando en torno al 30% del espacio de exhibición –cerca de 3000 m2 repartido en 11 salas-.