La colección de la que se nutre el museo es la Colección pública de arte de Basilea. El Kunstmuseum Basel alberga la colección de pintura y los grabados en planchas de cobre. El núcleo de la galería de pinturas y dibujos se centra en obras de la región del Upper Rhine y Holanda datadas desde el 1400 al 1600 y de los siglos XIX y XX. Gaugin’s Nafea y otras obras maestras de la colección del Rudolf Staechelin , tras exposiciones temporales en otros museos desde 1997, regresan a la sede en marzo del 2002.