Ha sido galardonado con numerosos premios por sus diseños de viviendas y ha participado en exposiciones en todo el mundo. Su interés por trabajar con la realidad de nuestro entorno le ha llevado a afirmar que la mejor manera de proteger el patrimonio es aumentarlo.
Su obra, que muestra un claro interés por la interacción entre el mundo físico y el mundo natural siempre en busca de la construcción de nuevas naturalezas, ha sido expuesta en diversas ciudades del mundo y ha sido recogida en publicaciones diversas. Ha dado conferencias en Londres, Venecia, Nueva York, Boston, Berlín, Los Ángeles, Seúl, Rótterdam y Madrid. Co-fundador del grupo Metapolis (1998), ha publicado el Diccionario de Arquitectura Avanzada. En el año 2000 fue invitado a participar en la Bienal de Venecia de Arquitectura.
Desde 1993 tiene su propio estudio de arquitectura y este mismo año fundó, junto a Nuria Díaz, la empresa NewMedia para investigar la relación entre los sistemas interactivos y la difusión de la arquitectura. Su primera colección de CD-ROM de Arquitectura obtuvo los premios Milia DOr de Cannes y Mobius.
Guallart ha sido también distinguido con el premio FAD por una vivienda en el centro histórico de Barcelona (1993), y galardonado con el premio EUROPAN en el concurso de la Plaza del Árbol de Valencia. Su vivienda en Liria (1994) ha aparecido en revistas y publicaciones internacionales y fue seleccionada para la Exposición Habitats, Tectónicas y Paisajes en el Ministerio de Fomento. En 1998 realizó el proyecto WEBHotel, para una exposición colectiva en el MACBA, el MOMA, el WEXNER y el SFMOMA. En el año 2000 realizó la exposición La Beauté à la Nature en Avignon. En el año 2001 lideró el proyecto MediA House, desarrollado junto al Media Lab del MIT, por el que recibió el premio Ciudad de Barcelona (2002). Entre sus proyectos actuales destacan un edificio editorial en Paju Book City (Corea), el Plan del Puerto de Vinaroz (Castellón), y el Balneario Termal de la Garriga (Barcelona). En el año 2002 ganó el concurso para la regeneración de la cantera del Castillo de Denia y la construcción en ella de un centro multifuncional.