Se constituye en 1964 como fundación benéfico docente, gracias al impulso de Marcelino Botín-Sanz Sautuola y López. A la muerte del fundador en 1971, parte de la herencia pasa a la fundación, y pronto se suma la de su esposa. Su propósito es contribuir a la vida cultural e intelectual de Cantabria a través de la organización de distintos actos. Su sede se encuentra situada en un antiguo inmueble del siglo XVIII convenientemente remodelado para su función de museo. Dentro de sus actividades está la organización de conciertos, ciclos de conferencias y exposiciones temporales.

En julio de 2003 la fundación abre una nueva sala de exposiciones en Santander -Calle Marcelino Sanz de Sautuola, 3- con una superficie de 650 m2, de estructuras de madera y acero inoxidable mate que conforman un espacio fraccionado y caracterizado por la sencillez y funcionalidad. Cuenta también con otro espacio específico para exposiciones y talleres, se trata de Villa Iris, una antigua casa de veraneo de principio de siglo donada por Jesús García Fernández y sita en el santanderino Paseo de Pérez Galdós.

Renzo Piano presenta el proyecto definitivo del nuevo Centro de Arte Botín

Así será el próximo Centro de Arte Botín en Santander, obra del afamado Renzo Piano